企业知识产权保护管理体系，就是覆盖企业研发、生产、管理、销售各环节的内部知识产权管理制度，以使日常知识产权管理有章可循。内容应包括：
（1） 促进知识产权发生的制度；
（2） 员工发明创造权属的确定与分享；
（3） 技术成果申报制度，既方便对项目作出决策和调整，又可以作为证据，还可以防止因员工的流失而导致项目的中断；
（4） 专利申请、维持、放弃的评估和确定程序；
（5） 专利、商标、商业秘密的管理体系与办法；
（6） 按知识产权类别区分的保护方式方法与措施；
（7） 违规责任规定。
 
企业知识产权管理体系并不是一个孤立的系统，要把知识产权的管理同企业其他流程管理协调起来，各部门通力合作来促进和保护企业知识产权。企业应从战略管理的高度认识和实施企业知识产权管理，不仅要探讨企业知识产权管理中的活动流程，而且还要重点分析知识产权管理与其他流程管理的协调机制。此外，企业还应加强同知识产权管理部门、社会支持部门的联系，以详细地了解国家有关知识产权的法律规定，以及有效地获得社会支持体系的服务与支持，从而为企业核心竞争力提供源源不断的动力支持。